Извршни директор УН-ХАБИТАТ-а је Генерални подсекретар Уједињених нација, госпођа Тибаиџука.

Са централом у Најробију, у Кенији, и са тимом од око 200 чланова међународног и локалног особља, агенција има регионалне канцеларије за Азију и Пацифик у Фукуоки, у Јапану, за Латинску Америку и Карибе у Рио де Жанеиру, у Бразилу, и за Африку и Арапске државе у Најробију. Регионална канцеларија за Источну Европу и земље у транзицији такође се налази у Најробију.

	Одељење за развој становања и одрживих људских насеља координира функције глобалног залагања агенције. Његови одсеци су Одсек за стамбени смештај који је усредсређен на Глобалну кампању за сигурност стамбеног простора; Одсек за воду, санитарије и инфраструктуру који промовише приступ основним услугама и подиже свест о проблемима воде и санитарија углавном кроз програм Вода за афричке градове и програм Вода за азијске градове; Одсек за обуку и изградњу капацитета који помаже у јачању локалне управе и капацитета за управљање цивилним друштвом кроз развој обуке и организације; и Одсек за урбани развој који води Глобалну кампању за урбано управљање УН-ХАБИТАТ-а. Такође води и Програм за безбедније градове, Програм за одрживе градове, Програм за урбани менаџмент, Програм за контролу ризика и катастрофа и програм под називом Локализовање Агенде 21 чији је циљ укључивање критичних питања заштите животне средине у планирање урбаног равоја.
	Одељење за праћење и истраживање. Такође познато као Урбани секретаријат, ово одељење води три програма. Одсек за системе за праћење који прати и детаљно документује прилике у људским насељима које се крећу од питања права и политике до лекција научених кроз Програм примера добре праксе и Програм за локално вођство; Одсек за анализу политика, синтезу и дијалог, који је усредсређен на побољшање политика агенције и који подноси два главна извештаја; и Одсек за урбану економију и финансије који се бави питањима запослености у урбаним областима, нарочито неформалним сектором у нацијама у развоју, као и начинима развоја општинских и стамбених финансијских система.
	Одељење за регионалну и техничку сарадњу које је одговорно за спровођење програма и пројеката агенције за техничку сарадњу широм света. Оно такође надгледа регионалне канцеларије.